Черепашки-ниндзя спасают город и учатся в школе. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло учатся совмещать ночные битвы со злодеями и дневную жизнь обычных школьников. В шумном Нью-Йорке их ждут опасные враги, неожиданные союзники и испытания, которые не всегда решаются кулаками и оружием.
Четверо братьев-черепах, всю жизнь скрывавшихся от мира людей в канализациях Нью-Йорка и обучавшихся ниндзюцу, отправляются на поверхность и пытаются жить как нормальные подростки. С помощью своей новой подруги Эйприл О’Нил они выходят на след печально известного преступного синдиката и армии мутантов.
Герои сериала — жители бедных южных районов Чикаго со сложной криминогенной обстановкой. Афроамериканцы, живущие здесь, вынуждены каждый день рисковать жизнью и искать возможность заработать. Подростки, живущие в Чикаго, быстро взрослеют. Таков и Алекс Хибберт: мальчику придётся рано распрощаться с детскими мечтами и приложить серьёзные усилия, чтобы чего-то добиться в жизни.