1994 год. Стажер музея Елена Уоллес и бывший военный эксперт по электронике Ной Диас оказываются втянуты в древний конфликт, связанный с максималами и террорконами.
Полная опасностей жизнь на Мадагаскаре не оправдала ожиданий привыкших к комфорту Нью-Йоркского зоопарка животных - льва Алекса, зебры Марти, жирафа Мелмана и бегемотихи Глории - и друзья решают сбежать с острова. По случайности, всю компанию заносит в Африку, где Алекс встречает свою семью, с которой он был разлучен в детстве.